تضم الجمعية العمومية لمؤسسة التعاون أكثر من 100 عضو عامل من الفلسطينيين والعرب البارزين، وتعقد الجمعية اجتماعاً سنوياً لمراجعة العمل وإقرار البيانات المالية المدققة والمسائل المتعلقة باستراتيجية عمل المؤسسة. ومجلس الأمناء المكون من 40 عضواً والذي تقوم الجمعية العمومية بانتخابه كل ثلاث سنوات، يجتمع مرتين سنوياً لصياغة سياسات المؤسسة واستراتيجياتها ولمراجعة أدائها.

ويقوم المجلس بالإشراف على أنشطة المؤسسة من خلال الهيئة الإدارية واللجان المتخصصة للبرامج والمشروعات، وتنمية الموارد، والإعلام، والاستثمار، وغيرها من اللجان الفنية.

تضم مؤسسة التعاون فريق عمل مكون من 110 موظفاً مسؤولين عن تنفيذ البرامج والمثروعات وتقديم التقارير لمجلس الأمناء ومختلف اللجان.